Fiskene afgiver affaldsstoffer til vandet, som kan medføre fiskedød eller sygdom hvis koncentrationerne bliver for høje.

De affaldsstoffer der kan skabe væsentlige problemer i akvariet er ammoniak / ammonium, nitrit, nitrat og fosfat.

De 3 første opstår og fjernes i følgende rækkefølge:
Ammoniak/ammonium  –>  nitrit  –>  nitrat

Ammoniak NH3 / ammonium NH4 og nitrit NO2 er meget giftigt og skal straks omdannes til nitrat ved hjælp af nyttige bakterier i filteret.

Nitrat NO3 er ikke direkte dødelig giftigt for fiskene, men kan i koncentrationer over ca. 40 mg pr. liter medføre sygdomme som svamp og hvide pletter og ved højere koncentration kan også komme åndedrætsproblemer. Endvidere bliver fiskene sløve, mangler ædelyst og æglæggere vil ikke yngle hvis nitrat er for høj.
Nitrat bør holdes under ca. 40 mg. Grænsen for menneskers drikkevand er 50 mg. Fiskene vil dog gerne have nitrat under 20 mg.
Planter ønsker 20 mg nitrat og bruger noget af nitraten. Resten kan fjernes med vandskift eller ved særlig biologisk filtrering med f.eks. filtersten som Siporax og JBL Micromec eller rødler i bundlaget.

Fosfat PO4 er ikke skadeligt for fiskene, men for høj fosfat medfører lidt algevækst.
Planter bruger noget af fosfaten og resten kan fjernes med vandskift, samtidig med at man fjerner nitrat.

Vandskifte
I et normalbelastet (1 cm. små fisk pr. liter – større fisk indregnes med større faktor f.eks. 4 cm) akvarie uden planter bør der som udgangspunkt skiftes 20-25% af vandet hver uge for at holde nitrat og fosfat nede på et acceptabelt niveau (under 40 mg for nitrat). Hvis man skifter mere end ca. 20% vand, bør man påfylde tempereret vand, for at undgå at fiskene får kuldechok.

Mængden af vand der skal skiftes afhænger af forholdene i det enkelte akvarie. Det mest afgørende er mængden og størrelse på fiskene og dermed også mængden af foder. Mængden af planter og typen af bundlag og filtermateriale kan også have stor betydning.

Den sikre metode er, at måle nitrat hver uge i f.eks. 4 uger for at konstatere mængden og udviklingen. Så har man et præcist grundlag for nødvendigheden af vandskift i det pågældende akvarie.

For at få er pålideligt måleresultat bør man anvende dråbetest af god kvalitet.
JBL-dråbetest til nitrat (NO3) virker godt, har detaljeret måleskala og er nemt at benytte.
http://www.akvarieforretningen.dk/product.asp?product=258

Giftige vandslanger
Det er nemt at skifte vand hvis man benytter en vandslange til både at fjerne det gamle vand og fylde nyt vand på. Der er talrige eksempler på, at anvendelse af fleksslanger har slået alle fisk ihjel, da slangen har afgivet giftstoffer til vandet. Der er også et mindre antal eksempler på, at det samme er sket ved anvendelse af almindelige nye haveslanger.
Man bør derfor ikke anvende fleksslange til vandskift. Almindelig haveslange kan anvendes, men den bør først spules igennem med ca. 100 liter koldt vand på fuldt tryk. Slangen bør ikke spules med varmt vand, da slangen ikke er beregnet til varmt vand, og derfor kan gå delvis i opløsning indvendig, hvis den opvarmes med meget varmt vand.

Hvis man vil være helt sikker på, at slangen ikke afgiver giftstoffer, skal man købe en fødevaregodkendt slange eller f.eks. en Eheim slange. De er imidlertid noget dyrere end almindelige haveslanger.

Mindre betydende vandforhold
De fleste fisk kan leve i almindeligt vandhanevand, som man kan påvirke i den retning som passer til de fiskearter man har i akvariet.
Rødder som afgiver garvesyre i akvariet gør vandet blødere og kalksten i akvariet gør vandet hårdere. Spagnum i filteret vil også gøre vandet blødere.
Oxalsyre, osmoseanlæg eller indsamling af regnvand er mere besværlige metoder til anskaffelse af blødere vand.

GH-værdien er udtryk for vandets totale hårdhed og den afgøres af mængden af calcium- og magnesiumsalte i vandet.

PH-værdien er udtryk for vandets surhedsgrad.
– PH-værdi over 7 er basisk eller alkalisk vand
– PH-værdi på 7 kaldes neutralt
– PH-værdi under 7 er surt vand

Gas bubble disease
Vandet fra vandværket er under højt tryk, og det medfører, at der er luft i vandet, som frigives som små bobler i akvariet, når man har skiftet vand.
De små bobler er normalt ikke skadelige for fiskene, men hvis vandværket midlertidigt har forhøjet vandtrykket, kan det forøgede luftindhold være dødeligt for fiskene.
Vandværkerne forhøjer ofte vandtrykket, hvis der opstår utæthed i rørsystemerne eller der udføres reparationer på rørsystemerne.

Hvis man er uheldig og skifter vand på et tidspunkt hvor vandværket har forhøjet vandtrykket, kan fiskene derfor dø når bobler i blodbanen medfører vævskader.

Risikoen er størst hvis man påfylder vand gennem en slange som udmunder under akvariets vandoverflade. Risikoen kan begrænses ved at udlede vandet gennem en bruser eller lignende, så højt over vandoverfladen som muligt. Så vil vandtrykket falde og luftindholdet vil blive reduceret, inden vandet kommer ned i akvariet. Den metode vil også begrænse mængden af de uskadelige små bobler der opstår, når man normalt skifter vand.